هرچند بیرق سرخ جامگان، سرفصل پرچم آزربایجان و ایران است ؛ اما زمان آغاز شکلگیری پرچم کنونی ایران را بعضیها دوره صفوی میدانند و عده ای دیگر دوره قاجار.
صفویان برای اولین بار رنگ سبز را که بدعتی عنادگونه در برابر امپراتوری عثمانی بود با تبلیغ بعنوان نماد شیعه در زمینه پرچم سرزمین تحت حاکمیت خود که بر مبنای مذهب تشیع تشکیل شده بود، قرار دادند. بعد از صفویان که افشاریان زمام امور حکومت را در دست گرفتند بجای رنگ سبز، دو رنگ سرخ (نشان تاریخی آزربایجان و سرخ جامگان) و آبی(نشان تاریخی تورکان اوغوز) را همزمان در پرچمهای امپراتوری خود بکار بردند و قاجاریان رنگ سبز را مجدداً و به مرور جایگزین رنگ آبی برای پرچم ممالک محروسه قاجار نمودند. پهلویها که هیچ تغییری در پرچم ایران ندادند و بعد از انقلاب اسلامی نیز همین ترکیب ابقاء شد. و اما چگونه؟
مراحل شکلگیری ترکیب رنگهای پرچم ایران - دوره قاجار
پس از انقلاب، مجلس خبرگان قانون اساسی بحث درباره پرچم رسمی کشور را شروع کرد و مشخص شد حتی در مورد رنگ پرچم نیز اتفاق نظر وجود ندارد!
«آیت‌الله ربانی شیرازی» نماینده مردم فارس در مجلس خبرگان پیشنهاد کرد که رنگ پرچم ایران به صورت سبز یک‌دست (رنگ شیعه صفوی) درآید.
در واقع مناقشه اصلی بر سر تغییر آرم شیر و خورشید که حذف شده، نبود ؛ بلکه بحث بر سر تغییر رنگ پرچم بود. بسیاری از انقلابیون خواهان تغییر رنگ پرچم ایران بودند تا هیچ نشانی از نظام شاهنشاهی باقی نماند.
ابتدا حجت‌الاسلام حجتی کرمانی پیشنهاد کرد که رنگ و طرح کاملا تغییر کند که هیچ نشانی از حکومت پهلوی به جای نماند! این سخن با اعتراض آیت‌الله ضیائی قرار گرفت که پرچم را نه متعلق به پهلوی، که نماد کشور دانست.
در نتیجه اختلاف نظرها بین طرفداران پرچم سه رنگ و پرچم تک رنگ، بالا گرفت. و درست پیش از رأی‌گیری نهایی، موبد «رستم شهرزادی» نماینده زرتشتیان ایران در مجلس خبرگان، دفاع عجیبی از پرچم سه رنگ انجام داد.
موبد زرتشتی با ربط دادن سه رنگ پرچم به عقاید مذهبی شیعیان گفت: «فرزندان حضرت علی بن ابیطالب علیه السلام که امام حسن سبزپوش و امام حسین سرخ‌پوش و حضرت عباس سفیدپوش بودند و در تمام شمائل و احادیث به این سه رنگ مخصوص ظاهر می‌شدند و آنچه در اذهان است، سرخی، خبردهنده شهادت، سفیدی خبردهنده صلح و رنگ سبز نیز رنگ شال سادات است»!
این تعبیر شیعی از پرچم در فضای به شدت مذهبی مجلس خبرگان قانون اساسی که توسط نماینده‌ی زرتشتیان انجام می‌شود، بسیار مورد توجه قرار می گیرد؛ به طوری که پس از پایان کلام موبد شهرزادی، رأی‌گیری انجام شد و پرچم سه‌رنگ با پنجاه و نه رأی موافق و دو رأی ممتنع و بدون مخالف به تصویب رسید!
